Zentrale Bestandteil jeder Handelssimulation ist das günstige Kaufen und teurer Verkaufen der Waren, so auch in Port Royale 3.

Port Royale 3 bietet zwei verschiedene Schwierigkeitsstufen die sich auf die Preise der Waren im Spiel auswirken. Im normalen Schwierigkeitsgrad kann der Spieler höhere Gewinnmargen erzielen als im fortgeschrittenen Schwierigkeitsgrad.

	normal		fortgeschritten
	Verkauf	Einkauf	Verkauf	Einkauf
	57	40	46	36
	57	40	46	36
	57	40	46	36
	85	60	70	55
	85	60	70	55
	85	60	70	55
	85	60	70	55
	250	200	210	165
	130	95	116	91
	85	60	70	55
	350	255	280	220
	170	125	140	110
	250	180	196	154
	250	180	196	154
	170	125	140	110
	500	370	420	330
	800	555	630	495
	260	190	210	164
	450	335	373	293
	250	180	199	156