In Port Royale 3 existiert ein bis zu vier Ebenen tiefer Produktionsbaum, es gibt aber auch einfacher zu produzierende Waren.

Die beiden Waren Kakao und Tabak erfordern viele Ausgangswaren und sind dementsprechend aufwendig zu produzieren – Holz spielt dabei eine zentrale Rolle. Die meisten anderen Waren weisen einen weniger komplexen Produktionsbaum auf.

Die nachfolgende Darstellung veranschaulicht die Produktion sowie den Verbrauch eines Produktionsgebäudes für einen Tag.