Die Piraten halten sich in Port Royale 3 gut versteckt, aber kann man sie relativ leicht aufspüren.

Man bekommt ab und an einen Tipp in der Taverne oder vom Ehepartner wo man ein Piratenversteck finden kann. Diese Ortsangabe sind allerdings nicht sehr genau, sondern geben nur eine Region an in der man sich dann auf die Suche machen muss.

Dafür schickt man ein bis zwei Konvois in die angegebene Gegend und hält nach Piratenkonvois ausschau. Hat man einen gefunden, so darf man diesen nicht angreifen, sondern muss ihm folgen. Irgendwann wird er die Küste ansteuern, dann muss man sich in seiner Nähe befinden! Jetzt sollte das Piratenversteck aufgedeckt werden.

Es bringt allerdings nichts jeden Piratenkonvoi zu verfolgen. Sie kreuzen auf relativ festen Routen in der Karibik und haben an den Küsten ihre Wendepunkte, dort findet man dann kein Piratenversteck.

Für die Verfolgung sollte kein Schiff mit Waren an Bord verwendet werden, dies könnte dazu führen, dass einen der Pirat angreift wenn man ihm zu nahe kommt bei der Verfolgung.

Nach einer gewissen Zeit werden Piratenverstecke aber von alleine aufgedeckt, man muss sich also nicht unbedingt die Mühe machen und sie selber suchen.