Aus Port Royale 2 ist man es gewohnt Baumaterialien für Gebäude im eigenen Lagerhaus bereitzustellen – in Port Royale 3 ist dies anders gelöst.

Wie auch schon bei Patrizier IV ist es nun notwendig das Baumaterial an die Stadt zu verkaufen, es wird nicht mehr aus dem Lagerhaus entnommen. Das mag nicht jeder Spieler mögen, macht es aber für Einsteiger ein wenig einfacher, da man nicht mehr so genau vorplanen muss.